In primo luogo occorre notare che in Linux si usa la / per separare le directory, invece della , che serve per eliminare l'eventuale significato speciale del carattere che segue, e quindi viene eliminata
L'albero delle directory inizia con la directory senza nome indicata con la sola / e chiamata root (radice).
In root troviamo in primo luogo tre directory predisposte per connettere i dispositivi. Sono le directory /floppy/cdrom e /mnt.
La directory /bin contiene gli eseguibili usabili anche dagli utenti indispensabili per l'avvio del computer, la /sbin quelli usabili solo dall'amministratore di sistema.
La directory /lib contiene le librerie di sistema indispensabili per l'avvio. Nella sottodirectory /lib/modules troviamo i moduli del kernel, vale a dire le estensioni del sistema operativo per gestire i dispositivi come mouse, schede video e penne USB, ed alcune caratteristiche particolari.
La directory /dev contiene i nomi per accedere a tutti i dispositivi. Questi nomi vengono utilizzati per esempio per montare i dischi, oppure dai programmi sonori per riprodurre il suono.